8 lutego 2007 Prezes Rady Ministrów Jarosław Kaczyński odwołał go ze stanowiska Prokuratora Krajowego, i Prezydent RP Lech Kaczyński powołał go na urząd Ministra Spraw Wewnętrznych oraz Administracji. 14 marca 2007 otrzymał nominację na członka Rady Bezpieczeństwa Narodowego. Z tego urzędu został odwołany 8 sierpnia 2007.